La piccola Chiesa dei Novelli Innocenti è l’unica testimonianza isolana del periodo medievale. Si tratta di una chiesa di scarso interesse artistico, ma di grande importanza storica. Secondo la tradizione, venne eretta in memoria di un naufragio che vide coinvolti diversi ragazzi imbarcatisi nella “crociata dei fanciulli”. Il disastro avvenne a largo delle coste dell’isola di San Pietro, e fece tanto clamore che papa Gregorio IX (1170-1241) decise di erigere questo piccolo tempio in memoria.
L’aspetto attuale si deve ai profondi rimaneggiamenti, avvenuti a spese della locale famiglia Porcile, che, tra il 1742 e il 1796, la volle completamente rinnovare e dedicare a San Pietro, l’apostolo che, secondo un’altra credenza, avrebbe sostato sull’isola durante il viaggio di ritorno dall’Africa. Nello scarno interno mononave, con terminazione rettilinea del coro, trovano posto, oltre alle spoglie dei giovani naufraghi, anche quelle di alcuni importanti esponenti della famiglia Porcile, tra i quali l’ammiraglio Vittorio, protagonista di alcuni scontri navali con i pirati barbareschi. La chiesa venne invertita nell’orientamento durante l’ultimo restauro, e sembra fondata l’ipotesi, avanzata in quella circostanza, che la vuole sorta sul luogo di un precedente tempio pagano.